水质管理指运用行政、法律、经济和科学技术手段，协调社会经济发展与水质保护的关系，控制污染物质进入水体，维持水质良好状态和生态平衡，满足工农业生产和生活对水质的要求。
在20世纪70年代以前，一般把水质保护单纯看成对废污水的治理，主要通过法律、行政手段限制废水排放，促进企业采取工程措施对废水进行处理。实践证明这种方法代价太大，并没有治本。此后，水质管理逐渐转向采取预防性措施，从科学规划,合理利用水资源，预防污染着手，使环境建设与社会经济发展相协调。当代的水质管理包括以下三个方面。
一、宏观计划管理
从对区域、流域的国土开发整治，水资源的合理开发利用和保护着手，对地区内的工业布局、产品结构进行全面规划，提出综合防治水污染的方案，并纳入计划经济管理的轨道，确定防治水体污染的技术政策和技术发展方向，并有计划地组织实施。采取的主要措施包括编制地区国土整治规划、流域水质管理规划等。
二、污染源管理
污染源是向水体排放污染物的场所、设备、装置，是造成水污染的根源，也是水质管理的主要对象。主要应采取行政、法律、经济措施控制污染物质排放的种类、数量、浓度和排放方式。
三、环境质量管理
按照水体的功能，划定不同的水质分区；制定水环境质量标准和废水排放标准；开展水质在线监测，对污染源实施监督管理；统筹兼顾、合理凋度水源，维持水体的自净能力。