中国市场，大量的在线水质分析仪器被用于企业废水污染物排放自动监测，这类水质分析仪在实际应用中面临的挑战是数据可靠性和准确度问题，造成问题的原因有：
在线水质分析仪采用的测量原理和测量方法和实验室标准分析方法不太可能完全一致，存在方法误差；表现出来的现象：仪器可以准确测量标准溶液（常常是单一化合物的水溶液）的浓度；但是对于实际水样，衡量是否准确的标准是和实验室人工方法的测量值比对，除了方法误差，还有可能存在人为误差的影响。
对样品预处理的方法与流程和实验室标准方法不一致。受仪器连续运行及安装环境等一系列条件的限制，在线分析仪器采用的样品预处理系统很可能和相应水质参数对应的标准分析方法要求的预处理条件不一致，这样，也有可能对最终的测试结果带来影响。
针对这些问题，环境管理部门的技术人员开展了大量的“在线水质分析仪器适用性”研究和比对测试工作，并根据不同水质指标，制定了严格而针对性的比对测试流程和规范，希望可以找到一个好的解决办法。
说明：不是所有的在线分析仪都需要面临如此严格的测量准确度要求。不同的使用目的，对仪器性能的要求也不尽相同。