为了确保老百姓水质饮用安全性，水利部门很早就开展了“水质监测”，也可以叫做“水资源质量监测”。水质作为反映水源状况的重要因素，和水位、流量、泥沙均是水文的一个重要指标，是反映水资源属性的关键所在。
在1956的时候，长江流域水文部门根据流域控制水文站开始了对水化学成分的检测工作。20世纪70年代，长江委水文局在所在的5个水文总站设立了水质分析室，同事也建立了水质监测机构和监测团队  ，开始了持续对流域水质的检测工作。1977年的时候，为了进一步做好流域为中心的水质监测工作，相关工作人员初步的构件了长江流域或水环境在线监测站网，拟定在已设置的156个水质监测站开展监测工作。1984年的时候，水电部门和我国环境保护局召开了有关长江水资源保护工作会议，在此制定了《长江干流水质监测网工作条例》，明确了长江干流水质监测网络由干流沿江城市级支流入江处的有关环境保护、水利等部门监测站、水文站组成，属于我国环境监测网的二级网。
另外在水质监测站发展的这些年里，水质监测站点范围不断的扩大，功能类型也逐步添加，基本形成了较为完整的流域水环境监测体系。从159年的90个水质站到目前覆盖长江流域及其他各类水域已经超过了4500个监测断面，基本覆盖了全流域地表水体，给全面掌握长江干支流污染状况和水资源保护提供了有力保障。